Nejčistší by bylo opravdu použít replikaci na úrovni MS SQL. U Expressu je transakční i merge replikace jen subscriber, takže "pouze pro čtení".

Pokud toto nestačí nebo nemůžeš použít velkej SQL Server (např. Merge Replication je plně podporovaná ve Workgroup verzi SQL, tj. by to řešil třeba server se SBS, pokud někde v lokalitě je), je to o návrhu aplikace - při spuštění synchronizovat do lokálního souboru (s tím už si pracuj jak chceš) a v něm provádět všechny změny. Při ukončení aplikace nebo dávkově pak synchronizovat zpět.

Budeš ale muset v kódu ošetřit případné konflikty a hrozí hafo dalších chyb, protože se snažíš obejít něco ne úplně vhodnou cestou...