Co se DB tyce, staci ti naprosty minimum a omoc si to zjednodusis. Na spouste hostingu totiz nebude mit webserver pravo zapisovat do souboru - to bude prvni na co narazis.
V uplne nejhloupejsi variate potrebujes tabulku s 6ti sloupci
id, zbozi, typ_ceny, cena1, cena2, cena3, na prvni 3 by sis mel dat index, prvni by mel byt samo automaticky generovany unikarni klic. Priplatek bych resil asi mimo DB a v ni bych uchovaval uz vypocitany ceny.
Pak potrebujes neco jako select typ_ceny, cena1, cena2, cena3 from tabulka where zbozi = 'moje zbozi' order by typ_ceny, to ti vrati vsechny ceny k tomu zbozi (v typu budes mit trebas tu velikost baleni ...)
Pri zmene pak update tabulka set cena1 = '100', cena2 = '200' ... where zbozi = ' ... ' samo das tam promene. Pro vlozeni ceny pak pouzijes obdobne insert.
Jen upozornuju na jednu vec, MySQL umi "od prirody" menit kodovani stringu, pokud bys tedy hodlal pracovat krom cisel s texty s diakritikou, existuji 3 mista ktera je treba ohlidat. Je to nastaveni MySQL (kodovani ve kterem se ukladaji data - lze definovat bud v konfiguraci jako default nebo pro kazdou databazi/tabulku/...), kodovani konexe - to muzes zmenit po pripojeni k databazi, opet se da default nastavit v konfiguraci MySQL a treti vec je skutecne kodovani dat se kterymi hodlas pracovat - zalezi na hlavickach ktere posles klientovi. Nejvhodnejsi je si pohlidat aby vsude bylo utf8 a nebudes mit problemy ani s obrazky cizincu.