Nevím, jestli to je vůbec možné. Některé důležité soubory jsou při běhu windows nedostupné (jsou nepřístupné i pro čtení). Osobně taky používám Clonezillu. Tím, že nabootuješ z CD zálohuješ korektně ukončený systém, zatímco záloha z běžících windows nemusí být korektní, vždyť se neustále do nějakých souborů zapisuje a z jiných čte, windows se za chodu dynamicky mění.